Dev bir üstün-bilgisayar oluşturmak için Internet’e bağlanan binlerce kişisel bilgisayarın projeye tahsis ettiği boş zamanı kullanan Find-a-Drug (Bir-İlaç-Bulun) projesi 500 milyondan fazla molekülün anti-kanser potansiyelini değerlendirdi ve çeşitli türdeki kanser hücrelerinin büyümesini engellediği tahmin edilen bir grup molekül buldu. ABD Ulusal Kanser Kurumu’ndaki bilim insanları bu gruptaki 39 molekülü Kurumun Gelişimsel Terepatik Programı bünyesinde test ettiler.
“Kanser hücresinin büyümesini durduracağı tahmin edilen moleküllerin yalnızca %2-3’ünün laboratuardaki gözlemde bunu başarabileceğini umuyorduk.” Diyen Find-a-Drup projesi bilimsel yöneticisi Keith Davies şöyle konuştu: “Bu çalışmada test edilen 39 molekülden yedisinin aranılan anti-kanser niteliklere sahip olduğu ortaya çıktı.”
Sonuçlar iki proteinle bağlantılı: biri, Oxford Üniversitesi’nden Onkoloji Profesörü David Kerr’in “tekli geçit yolu” diye tanımladığı RAS; ve diğeri de yeni kan damarlarının geliştirilmesinde anahtar rol oynayan VEGFr proteini.
RAS durdurucularını bulmaya yönelik olarak yapılan daha önceki girişimler daha az başarılı sonuçlanmışsa da klinik denemelerde birkaç VEGFr durdurucusu bulunmuş. VEGFr proteini, hedef almak için çekici bir protein çünkü yeni kan damarları, göğüs, kolon ve böbrek kanserleri dahil, katı tümörlerin çoğunluğu için değerli bir tedavi yolu olabilir. Ayrıca daha az yan etkisi olan VEGFr durdurucular ameliyattan sonra kemoterapinin yerini alabilecek geçerli bir alternatif olabilir.
Find-a-Drug projesi, hangi moleküllerin daha incelemeye değer olduğunu karar vermeden önce bu yıl içinde laboratuarsa daha çok molekül test etmeyi umut ediyor. Alternatif protein hedefleri de, anti-kanser niteliklerine sahip olduğu tahmin edilen molekül sayısını yükseltmek için değerlendirilecekler. Proje, daha büyük molekül adedi içinden seçim yapmanınk klinik deneylerdeki ilaç kullanma başarısızlıklarını önlemeye yardımcı olacağını umut ediyor.
Proje şu ana kadar dünyada 8,000’den fazla kişisel bilgisayar sahibinin projeye tahsis ettiği 250 yıllık bilgisayar zamanı kullandı. Her bir PC normal kullanımı etkilemeyen ve arka planda çalışan (find-a-drug.com adresinden indirdikleri) THINK yazılımının bir kopyasını kopyasını yürütüyor. Gönüllü PC’lerle Find-aDrup Internet sunucuları arasında aktarılan tüm veriler şifreleniyor. Bu önlem virüs gibi zararlı ajan yazılımların bilgisayarlara girişini önlüyor.
Find-a-Drug 2002 yılında İngiltere Evesham’de bulunan Treweren Danışmanlık tarafından kar amacı gütmeyen, ilaç keşfi için Internet tabanlı hesaplamaları kullanan bir kuruluş olarak kuruldu. Find-a-Drug, kansere ilaveten, doku sertleşmesi, veba, HIV ve SARS proteinlerine yönelik olarak da çalışmalar yürütüyor. Kanser projesi 2001 yılında United Devices ve Oxford Üniversite ile başlatılan işbirliği kapsamındaki çalışmaları sürdürüyor.
Gridbus Projesi GridSim 2.1 Araç Kutusunu Çıkardı
Avustralya’daki Melbourne Üniversitesi Grid Bilgisayarcılık ve Dağıtılmış Sistemler Laboratuarı (GRIDS) tarafından yönetilen açık kaynak Gridbus Projesi, Grid simülasyon yazılımının bir sonraki sürümü olan GridSim 2.1 toolkit’i çıkardı.
GridSim’in yeni sürümü geniş kapsamlı GridSim, GridBroker ve VisualModeler API’leri sağlıyor; kimliklendirilmiş yazılım boşluklarını çözüyor; GridSim ve GridBroker’ın nasıl kullanılacağının örneklerini sunuyor; birbirleriyle ilgili Class dosyalarını jar dosyalarıyla grupluyor ve program kodunun okunulabilirliğini arttırmak için Java kodu dönüştürme işlevini kullanıyor.
GridSim Toolkit’in bir parçası olarak geliştirilen tüm bileşenler GPL lisansı uyarınca, yenilemeyi teşvik etmek ve kullanıcılara serbestlik tanımak için açık kaynak olarak sunuluyor.
GridSim toolkit’in daha eski sürümü, Californi Teknoloji Enstitüsü; Argonne Ulusal Laboratuarı; Urbana-Champaign’deki Illionis Üniversitesi; Manchester Üniversitesi; CERN (Avrupa Nükleer Araştırma Örgütü); Singapur Ulusal Üniversitesi; Singua Üniversitesi; Sun Microsystems şirketi; IBM; Unisys; HP; British Telecom ve EMC dahil dünyadaki sayılı akademik ve ticari kuruluş tarafından kullanıldı veya indirildi.
GridSim yazılımı çok sayıda sistemi örneklemek ve simülasyonunu yapmak için kullanılmıştır. Örneğin Unisys’teki kullanıcılar bu yazılımın kullanımını veri merkezi örneklemesi için keşfediyorlar. Projenin kendi kullanımına, rekabetçi bir ekonomi modelinde ekonomik Grid zaman-çizelgesi simülasyonu ve ekonomi-tabanlı toplu zaman-çizelgeleri yer alıyor.
GridSim yazılımına katkıda bulunanlar arasında şunlar var: Rajkumar Buyya, Anthony Sulistio and Melbourne Üniversitesi GRIDS Laboratuarı’ndan Çi Şin Yeo ve Monash Üniversitesi GSCIT’den Manzur Mürşid.
Son olarak, ülkemizde de bu tür bir araştırmaya örnek olabilir düşüncesi ile ilgili adresleri vereklim. GridSim yazılımını indirmek için www.GridBus.Org/GridSim adresindeki Gridbus Projesi Web Sitesi’ni ziyaret edebilirsiniz. GridSim 2.1 Toolkit’e ilişkin açıklamalara da www.GridBus.org/Toolkit adresinden ulaşabilirsiniz.